Ministro de Trabajo y Asuntos Sociales desde febrero de 1999 a 2002, tras haber ocupado la Secretaría de Estado de Seguridad Social desde 1996, Juan Carlos Aparicio fue alcalde de la ciudad de Burgos en dos legislaturas, de 2003 a 2011, en una etapa en la que la urbe vivió una importante transformación.
La peatonalización del centro, el avance en el gran proyecto del Museo de la Evolución Humana y la salida del trazado ferroviario del centro urbano han sido tres de los episodios que han tenido entretenido a Aparicio en buena parte de su trayectoria en la alcaldía, cargo que él valora de forma significativa por la cercanía con los ciudadanos
Senador por Burgos de 2004 a 2008, año en el que volvió al Congreso, trabajó como diputado hasta 2013, Juan Carlos Aparicio desde marzo de 2019 es asesor de relaciones instituciones de la Federación de Asociaciones Empresariales de Burgos (FAE).
Vinculado a Aldea del Pinar y Salas de los Infantes, siempre ha mostrado preocupación por la evolución de esta comarca.
Fue en Salas donde trabajó como químico en una industria local. Ahora, a pocos metros de la jubilación tiene en proyecto que vea la luz un libro muy relacionado con el humor en la política.